En 1892, le pape Léon XIII avait ouvert une voie apaisante à une reconnaissance de la République par les catholiques français. Mais la loi de 1905 et les débuts du pontificat de Pie X crispèrent les relations entre la France et le Vatican. Le pape condamna la séparation et les associations cultuelles établies par cette loi. L’épiscopat français se retrouva pris entre le marteau pontifical et l’enclume républicaine puisque, tout en satisfaisant à la soumission au pape, il cherchait autant que faire se pouvait un accord avec les autorités françaises.
Ainsi, le 16 mars 1906, l ’archevêque de Bordeaux avait constitué une « Association diocésaine de la Gironde » pour laquelle, faute de pouvoir s’appuyer sur la loi de 1905 du fait de la condamnation papale, il prit pour base juridique la loi sur les associations de 1901. Adroit, mais… il ne fut pas seul. Interrogé par Jaurès à la Chambre, Aristide Briand, alors ministre de l’Instruction publique et des cultes, affirma qu’il s’agissait bien, de fait, d’une association « cultuelle » au sens de la loi de 1905. Briand persifla : « Le cardinal Lecot a fait de la légalité sans s’en douter, comme M. Jourdain faisait de la prose ». La rouerie du politique prit le prélat à son habilité.
Cette affaire donna naissance à un débat qui ne concerna pas que la Gironde et dont la pierre d’achoppement résidait dans le soubassement démocratique de l’association, car l’association 1901 consacre une organisation fondée sur l’élection. Pie X craignait de voir entamée la structuration ecclésiologique de l’Église catholique. En effet, en adoptant le statut d’association 1901, rien ne s’opposait légalement à ce que la présidence d’une « cultuelle » au sein du culte catholique soit tenue par des « laïcs » au détriment du clergé, au premier chef l’évêque. Le Conseil d’État finit par admettre que, même si l’évêque était membre de droit de ce type d’association et en recevait la présidence, les « diocésaines » pouvaient être considérées comme des « cultuelles » au sens de la loi de 1905.
Le compromis ne fut définitivement trouvé qu’en 1924 par échanges de lettres entre les deux États.
Mais, de façon plus fondamentale, ce débat faisait apparaître un clivage ecclésiologique aussi profond que lointain. Le Conseil d’État avait observé, en 1911, que la hiérarchie était un principe fondamental de l’Église romaine et qu’une « association qui n’admet point cette hiérarchie ni les règles de soumission et d’obéissance qu’elle comporte (…) se trouve dans l’impossibilité d’assurer le culte conformément aux règles de l’Église ». Simple…
Face à ce principe, le protestantisme, avec son sacerdoce universel, avait modifié cette approche depuis l’origine. D’ailleurs l’Église catholique ne s’y était pas trompée. En effet, au XVIIe siècle (jusqu’en 1685), toutes les Assemblées du clergé de France dénoncent le protestantisme comme « une doctrine républicaine témoignant d’un esprit d’ indépendance constituant un danger pour le trône tout autant que pour l’autel ». Ainsi, pour le clergé de France, le protestantisme aurait constitué moins un problème spirituel qu’une menace politique. La question traversa la Révolution puis le Concordat et rejaillit lors de la loi de 1905. Qui dit sacerdoce universel dit décisions prises par vote après délibérations, sans principe hiérarchique, du niveau local au niveau national. Simple !
